La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauracion Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometio decide proteger a las personas a su alrededor con la tecnica mas aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ryu, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogio y lo salvo de morir de la caravana de esclavos en que se encontraba donde 2 hermanas lo adoptan como hermano menor. Esta tecnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada de filo invertido que Kenshin porta desde el inicio de la Restauracion. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryu, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia.
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