Tras el suicidio de una estudiante llamada Chisa Yomoda, sus compañeros de escuela comienzan a recibir extraños e-mails póstumos de Chisa desde la red -o Wired-, entre las que se encuentra Lain Iwakura, una niña solitaria de 14 años a la que se le dificulta convivir con los demás. Ella desconociendo el funcionamiento de un ordenador abre el correo de la joven suicida, y por curiosidad trata de descubrir más acerca del tema, pidiéndole a su padre un nuevo Navi a para poder conocer más acerca de la Wired (que es un sistema de navegación similar a lo que conocemos por internet).